YMCAは正章の赤三角に記された「精神spirit」「知性mind」「身体body」のバランスのとれた成長を願って事業を展開しています。真ん中に書かれた「JOHN17:21」は、新約聖書「ヨハネによる福音書」17章21節の「すべての人を一つにしてください」を示しており、また背後の「X」「P」は「救い主キリスト」を表すギリシャ語の頭文字です。YMCAはキリスト教を基盤としながらも、宗教の違いを超え、また国家や人種、年齢や性別の違いを超えた組織となることをモットーとしています。
日本のYMCAは2017年10月1日、新しいロゴマーク「ポジティブY」を作成しました。このマークは、鳥が飛び立とうとする瞬間の姿をモチーフにし、生命の息吹、未来へ向かう前向きな力、平和への想いを表現しています。アルファベットのYをかたどりながら、新しいスローガン「みつかる。つながる。よくなっていく。」の3つの価値と、正章に示された「精神spirit 知性mind 身体body」を内包する構成。今までYMCAが伝えてきた価値と、これから新しく提供しようとする価値の両方が込められています。